Para eliminar las entradas que aparecen en la barra de direcciones sin tener que borrar el Historial, debes editar el Registro de Windows, busca esta subclave:
HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftInternet ExplorerTypedURLs
En el panel derecho verás todas las URL.
Elimina las que te interesen que no aparezcan en la barra de direcciones.